Do Sparty přišel v zimě 2019 z Karviné, ze hry ho však na dlouho vyřadily komplikace po zranění kolene. Nikdy se ale nevzdal, v létě 2021 nastoupil po více než 1000 dnech do utkání nejvyšší soutěže a začal sbíral starty za A-tým. V září 2021 pak vstřelil svůj první gól ve Spartě, když se prosadil proti Zlínu.
V létě 2022 přišel do Sparty trenérský štáb Briana Priskeho, kterému se podařilo Filipovu tréninkovou i zápasovou zátěž nastavit tak, aby nedošlo k obnovení zranění. Panák následně spolehlivými výkony v obraně přispěl k tomu, že se po devíti letech vrátil mistrovský titul na Letnou.
V sezoně 2023/24 byl hned u několika důležitých momentů v ofenzivě. V odvetě kvalifikace Evropské ligy proti Dinamu Záhřeb přispěl k obratu a vítězství 4:1 gólem a asistencí. V listopadovém utkání s Baníkem jedinou brankou zápasu zařídil výhru v Ostravě. Na konci ročníku pak mohl slavit obhajobu mistrovského titulu i vítězství v domácím poháru.
Po odchodu Ladislava Krejčího převzal Pany kapitánskou pásku. Náročný program ho v prvních utkáních ročníku vyřadil z kádru, stihl se však vrátit přímo včas na vítězný dvojzápas o postup do ligové fáze Champions League s Malmö. Hned v úvodním duelu proti Salzburgu si připsal asistenci na gól Victora Olatunjiho a byl vyhlášen nejlepším hráčem utkání.

Konstruktivní stoper byl vždy ceněn pro klidnou a přesnou rozehrávku, po které mohli jeho spoluhráči rychle přecházet do útoku. Svůj nadhled nyní přenese do zápasů rezervy, která v Panákovi získává velezkušeného hráče.
Filipe, děkujeme za všechnu práci, kterou jsi pro Spartu odvedl v A-týmu během těch mnoha let! Ať se ti daří předávat své zkušenosti mladým talentům ze sparťanské akademie.